北太平洋と北大西洋では，資源状態や管理体制などに違いがあるため，北太平洋運営委員会（IYS North Pacific Steering Committee）と北大西洋運営委員会（North Atlantic Steering Committee）を設けて，それぞれの元で活動が行われています（図）。そして，全体の活動を調整する組織委員会（IYS Coordinating Committee）が設置されています。北太平洋運営委員会の下には，テーマ毎に評議委員会（Theme Counsel Group）が設けられています。評議委員会は，テーマ毎に研究活動やイベント計画の提案・取りまとめを行い，活動の推進状況をレポートすることを任務としています。